歴代選手権獲得校
| 大会回数 | 男子の部 | 女子の部 | 会 場 |
|---|---|---|---|
| 第６４回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 敦賀市総合運動公園プール |
| 第６３回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 京都アクアリーナ |
| 第６２回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 千葉県国際総合水泳場 |
| 第６１回 | 筑波大学 | 筑波大学 | グランディ・２１ |
| 第６０回 | 鹿屋体育大学 | 鹿屋体育大学 | 鴨池公園水泳プール |
| 第５９回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | くろしおアリーナ |
| 第５８回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 京都アクアリーナ |
| 第５７回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 長野運動公園総合運動場総合市民プール |
| 第５６回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 北海道立野幌総合運動公園プール |
| 第５５回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 福岡市総合西市民プール |
| 第５４回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 神戸市ポートアイランドプール |
| 第５３回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 広島市総合屋内プール |
| 第５２回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 盛岡市立総合プール |
| 第５１回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 静岡県富士水泳場プール |
| 第５０回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | アクアドームくまもと |
| 第４９回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | くろしおアリーナ |
| 第４８回 | 筑波大学 | 筑波大学 | なみはやドームプール |
| 第４７回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 三重県営鈴鹿スポーツガーデンプール |
| 第４６回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 相模原市立総合水泳場 |
| 第４５回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 岡山県総合水泳場 |
| 第４４回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 神戸市ポートアイランドプール |
| 第４３回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 福岡市立総合西市民プール |
| 第４２回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 名古屋市レインボープール |
| 第４１回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 大宮公園プール |
| 第４０回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 広島市総合屋内プール |
| 第３９回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 彦根プール |
| 第３８回 | 鹿屋体育大学 | 鹿屋体育大学 | 佐賀総合プール |
| 第３７回 | 筑波大学 | 鹿屋体育大学 | 石川松任プール |
| 第３６回 | 鹿屋体育大学 | 鹿屋体育大学 | 千葉総合プール |
| 第３５回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 島根県立プール |
| 第３４回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 大阪プール |
| 第３３回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 静岡県営プール |
| 第３２回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 名古屋市瑞穂プール |
| 第３１回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 川口青木町公営市民プール |
| 第３０回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 呉 二河プール |
| 第２９回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 大阪プール |
| 第２８回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 静岡県営プール |
| 第２７回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 名古屋市瑞穂プール |
| 第２６回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 筑波大学プール |
| 第２５回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 広島大学プール |
| 第２４回 | 筑波大学 | 筑波大学 | 京都大学プール |
| 第２３回 | 筑波大学 | 熊本県営プール | |
| 第２２回 | 大阪大学 | 静岡草薙プール | |
| 第２１回 | 京都大学 | 日本大学碑文谷プール | |
| 第２０回 | 大阪府立大学 | 広島工業大学プール | |
| 第１９回 | 大阪府立大学 | 大阪府立大学プール | |
| 第１８回 | 鹿児島大学 | 鹿児島鴨池プール | |
| 第１７回 | 東京大学 | 名古屋市瑞穂プール | |
| 第１６回 | 東京大学 | 防衛大学プール | |
| 第１５回 | 東京大学 | 大阪府立大学プール | |
| 第１４回 | 東京大学 | 長崎網場プール | |
| 第１３回 | 東京大学 | 岐阜大学プール | |
| 第１２回 | 東京大学 | 神宮プール | |
| 第１１回 | 東京教育大学 | 高槻市営プール | |
| 第１０回 | 東京教育大学 | 菊池市営プール | |
| 第９回 | 東京教育大学 | 西京極プール | |
| 第８回 | 東京教育大学 | 神宮プール | |
| 第７回 | 東京教育大学 | 神宮プール | |
| 第６回 | 東京教育大学 | 大阪プール | |
| 第５回 | 東京教育大学 | 東京大学駒場プール | |
| 第４回 | 東京教育大学 | 大阪プール | |
| 第３回 | 東京教育大学 | 神宮プール | |
| 第２回 | 佐賀大学 | 鳥栖プール | |
| 第１回 | 大阪大学 | 大阪プール |
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